Im Jahre 1988 wird in Österreich ein Strafverfahren gegen Otto Muehl eröffnet, in dem auch Kommune-Mitglieder gegen ihn aussagen. Die Anklage legte dar, dass das „gemeinsame Aufziehen des Nachwuchses“ für Muehl den sexuellen Missbrauchsowie die Vergewaltigung von Kindern und Jugendlichen nicht ausgeschlossen habe.
Dem setzte Muehl entgegen, dass alle sexuellen Handlungen stets nach den selbstgesetzten Regeln der Gruppe erfolgten, wobei Kinder gelernt hätten, frühzeitig und bewusst mit ihrer Sexualität umzugehen. Dass dies im Ergebnis einen klaren Widerspruch zu den Gesetzen in Österreich bildete, wollte Muehl nicht anerkennen und er wies Vorschläge seiner Berater, etwa durch Reue ein günstigeres Urteil zu erzielen, bis zuletzt ab.
Daneben wurde auch die Weitergabe von weichen Drogen an Jugendliche und öffentliche Kritik als Erziehungsmittel angegriffen.
Von dem Vorwurf der Vergewaltigung wurde Muehl später entlastet. Er wurde gleichwohl 1991 zu sieben Jahren Haft verurteilt, die er vollständig verbüßen musste. Der Staatsanwalt erklärt in seinem Plädoyer unter anderem: „Mühl hat Terror ausgeübt. … Otto Mühl hat mit Menschen experimentiert, er hat sie manipuliert. .. Die Jugendlichen waren nicht freiwillig dort, er hatte ihnen die Eltern genommen und damit die Möglichkeit, die Kommune zu verlassen.“
Seit seiner Haftentlassung 1998 lebt Muehl in einer Gruppe mit 14 Erwachsenen und deren Kindern in Faro (Portugal).
Muehl nach 1991
Auch im Gefängnis beschäftigte sich Muehl intensiv mit Arbeiten der bildenden Kunst und malte etwa 300 Bilder.
Eine nach Otto Muehls Haftentlassung von Claus Peymann initiierte Lesung Muehls im Wiener Burgtheater am 11. Februar 1998 wurde nochmals zum Anlass heftiger kulturpolitischer Debatten, unter anderem im Bundesrat, der Länderkammer des österreichischen Parlaments.
In der Folge zog sich Muehl ins Ausland zurück. Nach 1998 lebte er in einer Gruppe mit 14 Erwachsenen und deren Kindern in Faro in Portugal. Trotz einer fortschreitenden Parkinson-Krankheit entwickelte er seit 2002 die sogenannten Electric-painting-Filme, am Computer bemalte Digitalfotos von Aktionen, geschnitten zu Filmen, die seinen Alltag und sein Leben in der Gruppe thematisieren. Daneben entstanden Exzess-art-Objekte, bei denen Farbe direkt aus der Tube auf die Leinwand aufgetragen wird.
Das Wiener Museum für angewandte Kunst widmete ihm seit 1998 zwei große Einzelausstellungen. 2010 feierte Muehl seinen 85. Geburtstag, aus diesem Anlass zeigte das Leopold Museum in Wien in einer umfangreichen Schau das Spätwerk Muehls. Bei der Eröffnungspressekonferenz dieser Ausstellung am 10. Juni 2010 entschuldigte sich Otto Muehl in einem offenen Brief erstmals bei seinen Opfern für seine sexuellen Übergriffe